小學時期游泳部的四名成員在畢業前的游泳比賽中奪冠之后他們畢業的畢業出國的出國四人分道揚鑣時過境遷就讀巖鳶高中的七瀨遙（島崎信長 配音）和好朋友橘真琴（鈴木達央 配音）升上高二他們與昔日的游泳部成員之一葉月渚（代永翼 配音）重逢三人回憶起小學時光約定到曾經的游泳館去在廢棄的游泳館里他們居然遇到了歸國的松岡凜（宮野真守 配音）意料之外的是昔日戰友凜性情大變還對遙發起挑戰結果遙輸給了他 　　遙、真琴和渚決定成立游泳部經過多番努力后終于招募到了新成員龍崎憐（平川大輔 配音）他們以縣大賽冠軍為目標進行緊張的集訓另一方面凜所在的鮫柄學院游泳部也在為大賽作準備他們約定要在賽場上決一高下充滿激情和活力的游泳部在這個夏天開始了關于友情與青春的Free!故事