繁華大都會美國紐約邪惡領袖施萊德率領的大腳幫在城市內為非作歹甚囂塵上安保公司老板埃里克·薩克斯推出最新安保系統發誓維護城市的和平第6頻道女記者愛普爾·奧尼爾偶然拍到大腳幫被四名神秘俠客挫敗的畫面在第二次遭遇非常事件時她驚訝地發現四名俠客竟然是變異后的巴西龜：拉斐爾、列奧納多、米可朗基羅、多納泰羅忍者神龜的名字勾起了愛普爾兒時的記憶當年她的父親與薩克斯正是研究生物變異實驗的伙伴她將這個消息告訴給薩克斯可是在和忍者神龜及其老師斯普林特會面后才發覺薩克斯與施萊德是這座城市內的罪惡之源……本片根據同名經典漫畫改編